Sistema de Competicion

Durante el Campeonato Descentralizado 2013 el torneo se llevará a cabo en tres etapas: en la primera, los equipos jugarán en la modalidad de todos contra todos (fase regular); en la segunda etapa, lo harán a través de dos series, mientras que en la tercera los ganadores de cada serie disputarán el título nacional.
Luego de terminar las treinta fechas de la primera etapa, el equipo que finalice en primer lugar clasificará a la Copa Libertadores 2014 como Perú 3 (siempre y cuando quede entre los ocho primeros lugares de la tabla acumulada al finalizar la segunda etapa). Culminada la primera etapa, los equipos que finalicen en posiciones impares formarán la Liguilla A, mientras que quienes acaben en posiciones pares irán a la Liguilla B.
En esta segunda etapa, se disputaran dos ruedas de siete fechas cada una y todos los equipos empezarán con los puntos que hicieron en la primera etapa. Los equipos que finalicen en el primer lugar de cada grupo, clasificarán a la fase de grupos de la Copa Libertadores 2014 y disputarán el título nacional en play-offs de ida y vuelta (tercera etapa). El equipo que termine en el tercer lugar de la tabla acumulada, clasificará a la primera fase de la Copa Libertadores 2014. Los cuatro equipos subsiguientes obtendrán un cupo para la Copa Sudamericana 2014. Finalmente, los equipos que ocupen las dos últimas posiciones descenderán a la Segunda División.